肉苁蓉主要分布在中国的内蒙古、新疆、甘肃、宁夏、青海等西北沙漠、荒漠地区。
内蒙古
- 阿拉善盟：被誉为 “中国肉苁蓉之乡”，这里年均降水不足 100 毫米，昼夜温差高达 20℃，拥有适宜接种苁蓉的天然梭梭林 1450 万亩，为肉苁蓉提供了良好的寄生条件。全盟苁蓉年产量达 1000 多吨，苁蓉产量占全国的 90% 以上，且肉苁蓉含有 1.8% 的松果菊苷，远超国际标准的 0.3%。
- 巴彦淖尔市：地处河套平原西缘，黄河故道盐碱地为肉苁蓉的生长提供了独特环境，这里出产的 “白苁蓉” 含有独特的苯乙醇苷类物质，清代《验方新编》记载其可 “补阴而不伤阳，润燥而不滋腻”。
新疆
- 新疆是肉苁蓉的主产区，种植面积和产量均居全国第一，年产肉苁蓉药材原料干货 6000 余吨，约占全国肉苁蓉药材原料产量的 80%。形成了环塔里木盆地、吐鲁番盆地、准噶尔盆地沙区 3 个集中连片产区，其中和田地区、吐鲁番市、巴音郭楞蒙古自治州、昌吉回族自治州、阿克苏地区、喀什地区等都有较大面积的肉苁蓉种植。
甘肃
- 甘肃的皋兰等地是肉苁蓉的传统产区，瓜州县地处河西走廊西端，气候干旱少雨，日照充足，非常适合肉苁蓉的生长。
宁夏
- 宁夏肉苁蓉主要分布在宁夏的荒漠草原带及荒漠区，所产肉苁蓉品质优良，在市场上也有一定的份额。
